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一.microRNA数据库
1.miRBase
miRBase是当前收录miRNA信息最全面的综合型公共数据库之一,由曼彻斯特大学研究人员开发。提供搜索已发表miRNA序列和注释信息,预测基因靶标等功能。当前版本收录物种271(含动植物病毒等)。
数据库链接:http://www.mirbase.org/
往期教程: 《推荐一个miRNA数据库》
2.PmiREN
PmiREN(植物microRNA百科全书)是一个专注植物miRNA的综合数据库,由北京大学生命科学学院李磊研究组与合作者开发。当前版本(2.0)中收录植物179种、miRNA位点38,186个,新增8个用于miRNA调控网络与功能研究工具及3个用于分子实验设计工具。
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数据库链接:https://www.pmiren.com/
3.sRNAanno
一个植物小RNA注释存储数据库,由华南农业大学夏瑞课题组开发。该数据库共收集了来自143种植物的1606个sRNA测序数据集,进行了全面的小RNA位点注释。与miRBase(v22)相比,sRNAanno中收录的植物物种、获得的miRNA前体及成熟miRNA数量都更多。
数据库链接:http://plantsrnas.org/
4.miRDB
miRDB是一个用于动物(人、小鼠、大鼠、狗、鸡)miRNA靶标预测和功能注释的在线数据库,用户可通过按miRNA名称或按基因靶标信息两种方式进行检索。
数据库链接:http://www.mirdb.org/
往期教程: 《使用miRDB预测miRNA的靶基因》
5.miRWalk
miRWalk也是一个主要用动物(人、大鼠、小鼠、狗、牛、鱼)于miRNA靶基因预测的数据库,当前版本3.0(最近更新2022,较新),支持一次输出单个或多个miRNA或靶基因进行检索。
数据库链接:
http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/
二、circRNA数据库
1.circBase
使用频率较高的circRNA数据库之一。收集物种包括人类(hg19)、小鼠(mm9)、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇(dm3)等。提供三种在线查询比对方式,也可下载所需物种的全部circRNA列表和序列信息。
数据库链接:http://www.circbase.org/
2.CircFunBase
一个综合功能性circRNA数据库,优势在于通过文献收集了有关circRNA的功能信息,形成7000+条功能性circRNA资源。可查询16个物种,含7种植物(拟南芥、水稻、小麦、番茄、棉花、大麦、猕猴桃)和9种动物(人类、猕猴、小鼠、大鼠、鸡、猪、牛、黑腹果蝇、穴兔)。
用户通过检索可轻松获取circRNA的基本信息、功能描述、表达模式、GO注释、和circRNA相关的mRNA,还可直接获取miRNA-circRNA和RBP-circRNA的互作网络等。
数据库链接:
https://bis.zju.edu.cn/CircFunBase/browse.php
3.PlantcircBase
一个植物circRNA数据库,浙江大学作樊龙江团队开发,当前版本7.0(2022年更新),从21种植物中收集到171,118个circRNAs,其中31,109circRNAs具全长转录本。数据库提供四种方法对circRNA进行检索查询。
数据库链接:
http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/
4.CircNet2.0
一个主要用于探索癌症circRNA调控网络的数据库,当前版本2.0。不仅收录了circRNA基本信息,还提供circRNA在不同组织的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络。
数据库链接:
https://awi.cuhk.edu.cn/~CircNet/php/index.php
5.CircInteractome
结合靶点预测数据库(网站更新2020-01-30)。CircInteractome预测了已知的109个RNA结合蛋白数据集与circBase中的circRNA的结合位点,使用Targetscan预测工具预测miRNAs与circRNA的潜在结合位点。
数据库链接:
https://circinteractome.irp.nia.nih.gov/
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